Zayıflama haplarının diğer bütün ilaçlarda olduğu gibi mutlaka yan etkileri vardır. Bu yan etkiler içerisinde kan basıncı yüksekliği, kalp – ritim değişiklikleri ,çarpıntı, glokom, ilaç bağımlılığı, huzursuzluk, saldırganlık, uykusuzluk, ishal, vitamin eksikliği, karın ağrısı, gaz gerginliği ve hatta ölüme neden olabilecek etkileri bulunmaktadır. Bu nedenle bu ilaçları mutlaka hekim kontrolünde kullanmamız gereklidir. Bu tür ilaçlar endokrin sistemimizde hormonlar üzerinde etki gösterirler ve bazı hormonal değişikliklere neden olabilirler. Ancak kadınlarda adet düzensizliği yaptığına dair önemli bir kanıt mevcut değildir.

Zayıflama haplarının kullanılabilmesi için öncelikle başka tür sağlık sorunlarının olmadığını gösterilmiş olması gerekir. Bu nedenle mutlaka öncesinde hekime danışılmalıdır. Her yaş grubu için uygun olmayabilir bu tür ilaçlar. Örneğin çocukluk yaş grubunda veya ileri yaş grubunda bu tür ilaçların kullanılması bazı sakıncalara neden olabilir. Kalp hastalığı olanlar, damar hastalığı olanlar, bağırsak sistemi ile ilgili hastalığı olanlar veya psikolojik rahatsızlığı bulunanların bu tür ilaçları kullanması sakıncalı olabilir.