Sünnetin genital bölgenin hijyenine, temizliğine, mikropların, hastalıkların bulaşmasına katkısının olup olmadığı yüzyıllardır tartışılan bir konudur. Ancak bu konuda özellikle batı dünyasında yapılan bilimsel araştırmalar sünnetli olmanın gerek cinsel yola bulaşan hastalıkları gerekse penise ait enfeksiyon hastalıklarını önemli ölçüde azalttığını göstermiştir.
Sünnetli olmayan yani sünnet derisi mevcut olan ve cinsel hayat dönemine girmiş ergenlik dönemi sonrasındaki bir erkekte sünnet derisinin içinden salgılanan bir takım kayganlaştırıcı sıvı salgı maddeleri peniste sünnet derisi altında kalacağı için çok düzenli bir şekilde her gün belki bir kaç kez sünnet derisini geri çekip temizlemek gerekecektir. Halbuki kişi sünnetli olduğunda doğrudan dış hava ile temas ettiği ve kapalı bir ortam kalmadığı için hem temizlik daha kolay olacak hem de cinsel yolla bulaşan hastalıklar ve enfeksiyon hastalıkları daha az oranda görülecektir.