Marmaray tüp geçidi batırma tünel tekniği ile inşa edildi. Batırma tünel tekniği 20 yüzyılın başından beri kullanılan güvenli bir tünel yapım sistemi. Bunun için öncelikle İstanbul boğazının 60 metre altındaki deniz tabanına yaklaşık 10 metre derinliğinde ve 20 metre genişliğinde hendekler açıldı.Hendekleri kazmak için su üstündeki büyük vinç ve kazıcılar kullanıldı.Hendeğin tabanına içine yerleştirilecek dev çelik tüpleri destekleyebilsin diye özel inşaat teknikleri ile güçlendirildi.Ardından Tuzla da inşa edilen 8,75 metre yüksekliğinde ve 15,5 metre genişliğindeki 7 ayrı tüp sıra ile bu hendeğin içine indirildi ve birleştirildi.Tüpler denizin altına her iki ağzı da kapalı olarak indirildi ve indirildikçe birleştirildi.Sonunda 1,4 km uzunluğundaki geçiş elde edildi.Çelik geçidin üzeri 4 metre kalınlığındaki özel kaya ve kum dolgu ile kapatıldı.