Marmaray aslında İstanbul’ un Avrupa  ve Asya yakalarındaki demiryolu hatlarını İstanbul Boğazı altından geçen tünelle birleştiren bir demiryolu ağıdır. Marmaray’ ın en önemli kısımlarından biri İstanbul Boğazı altına inşa edilen tüp geçittir.Boğazın altından geçen tüp geçit için ön araştırmalar 1987 yılında başladı.1998 yılında çalışmanın projesi tamamlandı. Geçidin inşaatını ise Türk ve Japon inşaat firmalarından oluşan bir konsorsiyum tarafından 2004 yılında başlandı.29 Ekim 2013 tarihinde ise hat ulaşıma açıldı. Marmarayın Kocaeli’ nin Gebze ilçesi ile İstanbul’ un batısındaki Halkalı semtine uzanması planlanıyor.Hattın Gebze, Söğütlüçeşme ve Sirkeci-Halkalı kısmı banliyö hatlarından oluşuyor. Her iki yakadaki banliyö hatları ve Kartal-Kadıköy metrosu Söğütlüçeşme deki bir aktarma istasyonu ile Marmaray tüp geçidine bağlanıyor.Tüp geçit Sirkeci-Üsküdar arasında boğazın altından geçiyor.Geçidin sualtından geçen kısmı 1,4 km uzunluğunda.Tren,  geçidi toplam 4 dakikada katediyor. Marmaray, Haliç  üzerinde inşa edilen bir demiryolu köprüsü sayesinde Sirkeci’ den Taksim-Levent metro hattına bağlanıyor. Marmarayın ilerde inşa edilecek Bakırköy-Beylikdüzü ve Bostancı-Dudullu metro hatlarına bağlanması planlanıyor. Marmaray,  şehiriçi yolcu taşımacılığının yanı sıra, yük ve şehirlerarası yolcu trenlerinin geçişleri içinde kullanılanacak. Gece saat 24:00 ile 05:00 saatleri arasında geçit yük trenlerinin geçişine açılacak. Günün yoğun olmayan saatlerinde de şehirlerarası yolcu trenleri geçitten geçecek.