Kanaryalarda en çok rastlanan hastalıklarda sindirim sistemi bozuklukları, mantar ve astımdır. Sindirim sistemi bozuklukların temel kaynağı kanaryanın kafesinin besinlerinin yeterince temiz ve bakımlı olmamasıdır. Bunun yanı sıra sık sık değiştireceğiniz beslenme rejimi aynı şekilde sindirim sistemi bozukluklarına sebep olacaktır. Normal düzene geçtiğinizde ve sürekli olarak aynı şekilde beslediğinizde ishal gibi sorunlar ortadan çok rahat bir şekilde kalkabilir. Buna rağmen kalkmıyorsa çeşitli antibiyotikler kullanmak gerekebilir. Bunu da veterinere danışarak kullanmanız daha uygun olacaktır.

Mantar yine aynı şekilde kafesin yeterince temiz tutulmaması sürekli olarak temizlenmemesi ve yeterince banyo verilmemesinden kaynaklanan bir hastalıktır. Kafesi de ıslak bırakmanız bu hastalığın artmasına sebep olacaktır. Mantar olan kuşunuzun mutlaka ve mutlaka diğerlerinden ayırın. Ayrı bir kafeste tutun ve aynı malzemeleri diğer kuşlara kullanmamaya özen gösterin. Sürekli olarak tedavisini yaparak en az 1 ay boyunca diğer kuşlardan ayrı tutun.

Diğer bir hastalık astımdır. Çok sık rastlanılan bilhassa ötüm kuşlarında çok rahatsız eden ve sürekli zor nefes almasına sebebiyet veren bir hastalıktır. Genellikle tozlu ortamlarda rutubetli bırakılan kafeslerde ve sık sık yer değiştirilmesi de astımı yaratmaktadır. Bakıldığında günlük 8-10 derecelik ani değişiklikler astıma sebebiyet verebilir. Bu da kuşlarda sık nefes almasına ve hırıldamasına sebep olacaktır.