Börek yaparken bazı problemle karşılaşabiliriz. Bunlardan en sık olanlarından biri böreğin içinin çiğ kalıp dışının pişmesidir. Bu tip problemler genelde fırından kaynaklanmaktadır. Böreği fırına koyduktan sonra fazla kapağını açıp kapatmazsak bu problemle pek fazla karşılaşmayız. Diğer bir problem ise börek pişmiş ama içi kuru kalmış olmasıdır. Böreğin içinin kuru kalmaması için peynirli harç haricinde yoğurt,yumurta ve sıvı yağından oluşan bir karışım kullanılabilir. Her kata sürerek bu karışımı fırına verildiği zaman börek kuru kalmayacaktır.
Bu tip problemler yaşamamak için fırını önceden 180 derecede ısıtıp böreği fırına koyduktan sonra kapağını sürekli açıp kapatmamak gerekir.