Bebeklerde besin alerjisi tedavilerinde en önemli prensip bebeğin alerjisi olduğu gıdayı elimine etmektir. Yani onu hiç bir suretle vermemektir. Özellikle ağır anaflaktik ya da şok tarzında şiddetli reaksiyon gösteren veya bronş spazmı, larenks spazmı denilen soluk alamama tarzında ortaya çıkan şiddetli reaksiyonların önlenmesinde bu çok önemlidir. Bunun için bebeğin aldığı tüm gıdalar özellikle endüstriye ürünler mutlaka bebeğe verilmeden önce içerik açısından titiz bir şekilde incelenmeli ve içerisinde süt ve süt proteinleri olunmadığından emin olunmadan bunlar kullanılmamalıdır. Eğer bebeğin hastalığı daha hafif bir rahatsızlıkla örneğin sadece gıda alerjilerine bağlı ishaller ortaya çıkıyor şiddetli reaksiyonlar olmuyorsa uzun vade de bebekte hem bu gıdaların elimine edilmiş olması yani inek sütünün tamamen uzaklaştırılması ama bunun yerine mutlaka çocuğun yeteri kadar beslenmesini sağlayacak parçalanmış protein ürünlerinden oluşan mamaların kullanılması şarttır. İnek sütü alerjileri en sık görülen gıda alerjileridir. Bebekte süt ve süt ürünlerini uzaklaştırdığımız zaman aynı zamanda bebeğin kalsiyum ve D vitaminin alımını da bir miktar azaltmış oluruz. O yüzden bunların da mutlaka yerine konması ve gıda katkısı olarak, mama katkısı olarak ilaveten bebeğe verilmesi gerekir. Eğer ilk 6 ay içerisinde şiddetli inek sütü alerjisi gösteren bebek sadece anne sütü alıyorsa yani anne sütünden geçen proteinlere karşı özellikle ortaya çıkan bir reaksiyonu varsa bu sefer annenin de yeteri kadar D vitamini ve kalsiyum aldığından emin olmak gerekir.