Akvaryumda kullanılan filtre çeşitliliğine göre onların bakım süreleri değişmektedir. Eğer küçük bir akvaryum ve küçük bir iç filtresi varsa bunu en az haftada bir defa çıkartıp içinde bulunmuş olan süngeri temizlemek gerekiyor ve bir takım içinde bulunan mekanik malzemesi olan pervane ve mil kısmını da zaman zaman temizlememiz filtremizin daha iyi çalışmasını sağlayacaktır. Eğer akvaryumunuz büyük ve bunda dış filtre kullanıyorsak mutlaka bunun ayda bir açılması gerekiyor. Ayda bir açılarak mekanik parçaların musluk altında ve değiştirilme yöntemiyle temizlenmesi, biyolojik malzemelerin temizlenmesi de akvaryum suyundan alacağımız su ile temizlenmesi bunun içerisinde yaşayan canlı bakterilerin ölmemesini sağlayacaktır. Eğer filtremizi komple musluk suyunda yıkarsak yaşatmış olduğumuz bir bakteri kültürünü tamamen yok edip tekrar sıfırdan başlamamıza neden olacaktır.

Filtremizdeki mekanik temizlik malzemesinden olan elyafı kesinlikle temizlemeden yenisiyle değiştirmemiz akvaryumumuzun daha sağlıklı olması sağlayacaktır. Mekanik malzemelerden olan seramiğin musluk altında yıkanmasının herhangi bir sakıncası yoktur. Ama bunun yanında kullanılan bakteri kültürlerinin faydalı bakterilerin yaşaması için gereken malzemenizi kesinlikle musluk altında değil akvaryumdan alınacak suyla temizlenmesi burada yaşayan canlı bakterilerin ölmemesini sağlayacaktır.